协和医院心脏外科于1987年6月组建，是福建省十大重点学科之一。20年来，该科在省内率先开展了心脏移植手术，心脏移植例数116例，长期存活88例，创造了心脏移植15项“全国第一”的记录；成功施行5例心肺联合移植手术，稳居全国前列。开展的先心病主动脉弓离断矫治手术、主动脉弓置换手术、Bentall手术、象鼻技术和急诊夹层动脉瘤手术等多项技术均为省内领先。新生儿复杂心脏手术年龄最小的仅出生11个小时，体重最小的只有2公斤。开展的新技术、新项目中有4项在国内领先、28项在省内领先。承担国家、省部级等科研项目23项，有18项成果获国家级、省部级科技进步奖。2007年全年手术量已超过1400台。